Год 1964-й, разгар Холодной войны. Нейкед Снейк, оперативник недавно сформированного особого подразделения 'FOX', направляется на советскую территорию. Его миссия - помочь русскому ученому переправиться на Запад. Но наставница и руководитель Снейка, Босс, женщина-солдат, первый в мире оперативник особого назначения, переходит на сторону Советского Союза.
В ее руках - атомная мини-боеголовка. В результате запуска боеголовки в одном из русских исследовательских институтов мир оказывается на пороге войны. Теперь Снейк должен вернуться в СССР с секретной миссией - уничтожить свою бывшую наставницу и предотвратить мировую ядерную войну.